ЄДС складається з постійно діючих функціональних і територіальних підсистем і має чотири рівні: загальнодержавний, регіональний, місцевий та об’єктивний.
Функціональні підсистеми створюються міністерствами та іншими центральними органами виконавчої влади для організації робіт, що пов’язані з запобіганням НС та захистом населення і території від їх наслідків.